Det er vigtigt at holde en stabil og lav vandtempertur for at sikre en stabil vækst, af planterne og denne udfordring er nok en, af de største med hydroponics.
De fleste planter kan dog tåle både meget lavere og højere temperatur i rodzonen, men mængden af ilt vand kan indeholde afhænger direkte af vandets temperatur og ilt optag igennem rødderne er alt afgørende for at transportere næring rundt i planterne og generelt sikre et sundt vandmiljø.